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荷兰大脑研究院院长迪克·斯瓦伯教授研究发现：
性别问题早在母体子宫内就已经形成，无论基因的细微改变，还是子宫内的激素异常，都可能导致性别认同障碍。
虽然性器官在第六周左右开始有男女之别，但大脑的分化主要在妊娠后期完成。受到相反的性别因素的影响时，大脑便会发展成相反性别的结构。
由于男性模式后于女性，男性大脑发育需要更多的变化，在性别选择机制上更容易出错，当大脑中的关键部位没有男性化，在少儿时期，他们的大脑将不会对睾酮做出任何的回应，由此出现性别认同障碍。
除此之外，幼儿阶段是大脑发育的最高峰时期。
性别身份认同大约在2-3岁形成，在3-6逐渐稳定，青春期之后进入恒长期。
如果成长期间受到不良的家庭和社会环境影响，都会对性别认同造成不利影响。